Nel 1992 c’è un brusco passo indietro, sia come prestazioni che come affidabilità. I piloti, i giovani Fittipaldi e Morbidelli, fanno fatica ad emergere, e Fittipaldi, in Francia, è vittima di un brutto incidente, che gli costa la frattura di una vertebra. Giancarlo Minardi, sceglie come sostituto pro-tempore di Fittipaldi un talento nostrano: Alex Zanardi. Purtroppo “Zanna” manca due volte su tre la qualificazione al GP. Nella seconda parte di campionato, col ritorno di Fittipaldi e un buon lavoro di aggiornamento tecnico, la Minardi risale la china, e in Giappone Fittipaldi conquista un punto.
Nel 1993 la Minardi passa ai motori Ford. La nuova vettura, la M193, si rivela subito un progetto azzeccato. In Sud Africa Fittipaldi, partito tredicesimo, arriva quarto. Il compagno di squadra Barbazza, giunge sesto sia nel piovosissimo GP d’Europa a Donington Park sia a Imola. A Monaco arrivano altri 2 punti grazie a una solida gara di Fittipaldi. Tuttavia, il budget ristretto non consente al team di Faenza di sviluppare adeguatamente la monoposto, e le prestazioni della seconda parte di stagione ne risentono, anche se Fittipaldi e il redivivo Martini stanno stabilmente a centro gruppo. Da segnalare uno spettacolare volo di Fittipaldi sul rettilineo del traguardo di Monza, dopo un contatto con Martini. Il brasiliano, tra l’altro, verrà in seguito licenziato dopo un acceso diverbio con la squadra.
Nel 1994 la formazione della Minardi è composta da un duo esperto e tutto italiano: Pierluigi Martini e Michele Alboreto. Nonostante corrano con la M193 aggiornata, Alboreto e Martini si fanno valere in più di un’occasione: a Monaco Alboreto termina sesto, mentre in Spagna Martini finisce quinto, poco dietro alla Ferrari di Alesi. Dal GP del Canada viene introdotta la M194, realizzata da Aldo Costa e Gustav Brunner, ma non c’è quel salto in avanti nelle prestazioni tanto atteso. Comunque in Francia Martini coglie altri due punti iridati, con Alboreto che sfiora il sesto posto in Ungheria.
Il 1995 non rappresenta una delle migliori annate per la Minardi. Badoer e Martini fanno del loro meglio, ma la vettura, e soprattutto il V8 Ford, hanno dei limiti evidenti. Dal Gp d’Ungheria, debutta Pedro Lamy al posto di Martini. Sarà proprio il pilota portoghese, nel Gp d’Australia, a portare a casa l’unico punto della Minardi nel 1995, punto che consente alla compagine italiana di arrivare decima nel mondiale costruttori.
L’impennata di costi per la realizzazione dell’elettronica delle F1 costringe Giancarlo Minardi a risparmiare sui motori: per questo motivo, la M195B sarà dotata di un motore Ford da 520 cv, non competitivo rispetto ai propulsori delle squadre rivale. Minardi, tra l’altro, all’inizio del mondiale non dispone nemmeno di un pilota con una buona base di sponsor: Taki Inoue, che prometteva una valigia di diversi milioni di dollari, in realtà non ha il becco di un quattrino, e allora Giancarlo Minardi decide di promuovere titolare il collaudatore Giancarlo Fisichella. Accanto a Fisico viene riconfermato Pedro Lamy. A Melbourne entrambi riescono a compiere una buona qualifica, mettendosi alle spalle vetture più accreditate come la Jordan di Brundle e la Ligier di Diniz: tuttavia in gara sono costretti entrambi al ritiro. Fisichella, però viene sostituito per le due gare successive da un pilota con un buon budget, Tarso Marques, ma da San Marino a Silverstone torna al volante della Minardi, e in Canada giunge ottavo al traguardo. Da Hockenheim a Suzuka, il compagno di Lamy è il conte Giovanni Lavaggi, ribattezzato dai giornalisti inglesi “Johnny Carwash”. Lavaggi non si mette mai in mostra, e anzi, in Belgio e in Giappone non si qualifica nemmeno per la gara. La Minardi chiude la stagione con 0 punti, cosa che non capitava dal 1990.
All’inizio del 1997 Giancarlo Minardi cede a Flavio Briatore e Gabriele Rumi la maggioranza delle quote della Minardi (85%). Briatore porta come pilota un giovane di belle speranze: Jarno Trulli. Il secondo pilota è l’ex Tyrrell Katayama. La Minardi cambia anche motori, passando dai Ford al V8 Hart. A Melbourne Katayama e Trulli compiono una grande qualifica e si piazzano a centro gruppo, e in gara Trulli termina al nono posto, davanti alla più blasonata Arrows di Diniz. In Brasile, Trulli è dodicesimo e si mette dietro anche le Tyrrell di Salo e Verstappen, oltre alla Prost di Nakano, mentre a Buenos Aires chiude la gara in nona posizione. In Canada, il pilota della Prost Olivier Panis si frattura le gambe in seguito a un terribile incidente. Alain Prost decide quindi di far svolgere un test a Trulli a Magny Cours: Trulli va fortissimo, e la Prost chiede e ottiene dalla Minardi il cartellino di Jarno. In sua sostituzione, la Minardi richiama Tarso Marques. Questo riduce le potenzialità della Minardi, che può solo lottare con le Tyrrell, ma a causa del quinto posto di Mika Salo a Monaco, la Tyrrell arriva davanti alla Minardi nel mondiale piloti.
Anche il 1998 è un anno negativo per la scuderia di Faenza: la line-up composta da Tuero e Nakano si rivela fallimentare, e il nuovo motore Ford non consente di ridurre il gap dal centro del gruppo. Addirittura, nella gara di casa di Tuero, in Argentina, il team pasticcia con la sosta ai box, tenendo fermo il pilota per una quarantina di secondi.
L’unica nota dolce è il decimo posto nel mondiale costruttori: la Minardi, grazie a un ottavo posto di Tuero e a due di Nakano, si tiene dietro la Tyrrell e raggiunge il diritto all’accesso ai bonus televisivi.
Nel 1999 la Minardi punta su Luca Badoer, in prestito dalla Ferrari, e Marc Gené. Aldo Costa realizza una vettura molto innovativa, con un cambio in fibra di titanio di cui la concorrenza non dispone. Purtroppo, nella caotica gara di Melbourne entrambi i piloti sono costretti al ritiro, con Badoer tradito proprio dall’affidabilità del cambio dopo essere stato anche ai margini della zona punti. Le Minardi lottano spesso contro le Arrows, Panis e Zanardi: manca solo un piazzamento in zona punti. E il grande giorno arriva al Nurburgring.
In una delle gare più pazze della storia della F1, la Minardi sceglie una tattica prudente, non prendendo rischi inutili con le condizioni meteo mutevoli. Mentre i contendenti per il titolo Hakkinen e Irvine finiscono a fondo gruppo, Badoer e Gené avanzano, fino ad occupare la quarta e la sesta posizione. Ma a pochi giri dalla fine, Badoer rompe il cambio. Gené è quinto, però Hakkinen e Irvine gli mangiano secondi su secondi. Al penultimo giro Gené viene saltato da Hakkinen. Lo spagnolo tira come un disperato per non essere ripreso dalla Ferrari, e riesce a prendere la bandiera a scacchi in sesta posizione, cogliendo così il suo primo punto in carriera. E’ una giornata da incorniciare per la Minardi; grazie al piazzamento di Gené, la Minardi arriva davanti alla BAR nel campionato costruttori. La FIA, inoltre, attribuisce alla Minardi il premio di miglior monoposto dell’anno.
Nel 2000 al posto di Badoer arriva Gastòn Mazzacane, dotato di un buon budget, ma di scarso talento. L’exploit del GP d’Europa 1999 non viene replicato, ma la Minardi, a fine anno, conferma il decimo posto dell’anno passato: la Prost, infatti, ha anch’essa realizzato zero punti, ma ha meno ottavi posti della Minardi (uno contro tre). A fine 2000 Gabriele Rumi si ammala gravemente: Giancarlo Minardi ha bisogno di risorse per mandare avanti il team, e racimola alcuni milioni di euro vendendo il cartellino di un suo giovane pilota a Flavio Briatore. Il pilota in questione è Fernando Alonso. Tra fine 2000 e inizio 2001 viene formalizzata la cessione della Minardi all’australiano Paul Stoddart, che garantisce l’iscrizione del team al campionato 2001. Inizialmente era previsto lo spostamento del team alla factory della Lola in Inghilterra, ma l’ottimo lavoro di realizzazione della vettura a Faenza spinge Stoddart a mantenere la base della squadra in Emilia-Romagna.
A Melbourne la Minardi si presenta con Alonso e Marques senza aver percorso nemmeno un km di test. Nonostante questo, in Australia Alonso, in qualifica, è davanti anche alla Jaguar di Burti e alla Prost di Mazzacane. A Interlagos, sotto il diluvio, Marques non compie errori e termina nono, risultato che replica a Montreal. In Spagna, invece, è Alonso a mettersi in mostra, riuscendo a terminare la corsa con un giro di vantaggio su Marques e arrivando davanti anche alle Benetton di Fisichella e Button.
Negli ultimi tre GP Marques viene appiedato per far posto al malese Yoong, il cui rendimento è a dir poco imbarazzante. Alonso, invece, negli ultimi due GP stagionali si fa notare sia in qualifica che in gara: a Indianapolis è 17° al sabato, mentre in Giappone termina la gara in un 11° posizione, davanti a diverse monoposto più performanti della sua.
Alonso torna alla Renault, e Stoddart decide di sostituirlo con un suo vecchio pupillo: l’ex vice campione di F3000 Mark Webber. La scuderia di Faenza decide anche di passare ai motori Asiatech utilizzati nel 2001 dalla Arrows. Al via della stagione 2002, la Minardi capitalizza al meglio l’occasione della vita, presentatasi sotto forma di un incidente alla partenza del GP d’Australia che mette fuori dai giochi otto piloti. Webber si tiene lontano dai guai e compie una gara regolare, sino a giungere al quinto posto. Nei giri finali Webber deve resistere alla rimonta della Toyota di Mika Salo, però il finlandese finisce in testacoda proprio all’ultimo giro, e Webber taglia il traguardo in quinta posizione, con il pubblico in delirio per il piazzamento in zona punti dell’idolo locale, pilota di un team di proprietà di un australiano.
Il resto della stagione è opaco: la Minardi non ha il passo delle altre macchine, e in Spagna è costretta a dare forfait a causa del ripetuto cedimento strutturale delle ali della vettura di Webber. Da segnalare che per un paio di gare, Yoong viene spedito in panchina per far posto a Anthony Davidson.
Quel quinto posto di Melbourne permette alla Minardi di stare davanti a Toyota e Arrows nel mondiale costruttori, col conseguente nono posto e l’accesso ai bonus dei diritti televisivi.
Nel 2003 Webber passa alla Jaguar, e la Minardi decide di puntare su Jos Verstappen e sull’ex campione della F3000 Justin Wilson. Il rendimento dei due è più che buono, ma la monoposto, che è solo un semplice aggiornamento del precedente modello, non consente loro di emergere dal fondo dello schieramento. In Brasile, sotto la pioggia, entrambi finiscono fuori alla Curva do Sol, buttando via un piazzamento a punti. In Francia, al venerdì, le condizioni atmosferiche migliorano proprio quando è il loro turno di scendere in pista, e Verstappen si piazza primo davanti a Wilson (poi retrocesso per vettura sottopeso).
Ma è solo un fuoco di paglia: al sabato tutti compiono il loro giro singolo sull’asciutto, e la somma dei tempi relega il duo Minardi nelle ultimissime posizioni. La Minardi termina il campionato all’ultimo posto.
Nel 2004 Stoddart si affida a due giovani piloti: Gianmaria Bruni e Zsolt Baumgartner. A Indy l’ungherese riesce ad arrivare ottavo e a cogliere un punto, complice una serie infinita di ritiri. Il resto della stagione scorre via in maniera anonima, tranne che per un grosso spavento per Gimmy Bruni a Monza. Al pit stop c’è una fuoriuscita di benzina dal bocchettone, che causa un incendio sulla sua macchina. Fortunatamente Gimmy non subisce conseguenze. Intanto, Stoddart inizia a chiedere al Presidente della FIA Max Mosley di intervenire sui costi della F1. Stoddart vuole motori e gomme a prezzi calmierati, una restrizione dell’elettronica e un tetto massimo di spesa annuale. Mosley, spalleggiato dal team principal della Ferrari Jean Todt, oppone un netto rifiuto alle richieste di Stoddart, che per tutta risposta dice che FIA sta per “Ferrari Internazionalmente Aiutata”. Questo rompe totalmente i rapporti tra Minardi e Ferrari, già pessimi prima di questo fatto.
Per il 2005 la Minardi sceglie altri due giovani piloti: l’ex vice campione DTM Christijan Albers e Partick Friesacher, mentre Stoddart fissa il budget a 38 milioni di euro. Stoddart crea anche diversi problemi alla scuderia: l’australiano, infatti, vorrebbe partecipare alle prime gare del 2005 con la vecchia monoposto, ma l’ala anteriore non è a norma con le nuove regole. Stoddart si mette contro alla FIA, ma gli stewards di Melbourne decidono che la Minardi non rispetta le regole tecniche. Ci penseranno i meccanici, manualmente, a rendere l’ala anteriore conforme alle norme, permettendo così al team di partecipare al GP d’Australia. Albers e Friesacher, nel corso della stagione, tengono spesso il passo della Jordan di Monteiro e Karthikeyan, e nello scempio di Indianapolis terminano poco dietro ai rivali “in giallo”, classificandosi al quindo e sesto posto. Dal GP di Germania, al posto di Friesacher c’è Doornbos, pilota con cui Albers aveva già degli screzi personali.
Stoddart si rende conto di non poter più sostenere dignitosamente l’impegno in F1, e il 10 Settembre 2005 annuncia la vendita del team al patron della Red Bull Dietrich Mateschitz. La Red Bull ha acquisito la Minardi con l’intenzione di renderla un Junior Team dove far esordire i giovani del proprio programma, e per il 2006 dà alla scuderia il nome di “Toro Rosso”, traduzione in italiano di Red Bull.
L’ultimo GP della Minardi è quello della Cina, nel 2005, e Albers rischia quasi di non prendere il via dopo aver centrato Schumacher mentre si stava schierando sulla griglia.
Al termine del GP, che vede Doornbos quattordicesimo e Albers sedicesimo, la Minardi festeggia in grande stile l’addio dalla F1. Stoddart fa girare per il paddock uno squalo finto con sopra scritto “Mad Max”, cioè “Matto Max”, in riferimento al Presidente della FIA Max Mosley, che evita con sdegno di partecipare alla festa d’addio della Minardi alla F1.
L’ultima volta in pista di una Minardi è in un test a fine 2005: Giancarlo Minardi dà a due giovani italiani la possibilità di prendere contatto con una F1. Quei due giovani sono Luca Filippi e Davide Rigon.
Termina così la storia di un piccolo-grande team, che per 21 anni ha lottato con dignità in F1, lanciando nel panorama mondiale piloti come Martini, Nannini, Morbidelli, Zanardi, Fisichella, Trulli, Alonso, Webber e Wilson.