La gara della Moto2 a Motegi non si è conclusa sotto la bandiera a scacchi, ma dopo qualche ora quando la Direzione Gara ha squalificato il vincitore Fabio Quartararo, che in pista aveva tagliato il traguardo in prima posizione. Il francese della Speed Up aveva dominato la gara giapponese prendendo la testa della gara nei primi giri sorpassando Francesco Bagnaia, e mantenendo la leadership fino alla fine riuscendo a contenere il leader del campionato alle sue spalle per conquistare quella che sarebbe stata la sua seconda vittoria in campionato dopo il successo di Barcellona, prima della squalifica arrivata per la pressione irregolare delle sue gomme, di 0.02 più bassa rispetto a quanto consentito.
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Ciò significa che Pecco Bagnaia vince il Gran Premio del Giappone, che gli vale l’ottava vittoria in questa stagione (come Morbidelli la scorsa stagione),un risultato che diventa di vitale importanza per il campionato. Il pilota dello Sky Racing Team VR46 non si è preso troppi rischi, lasciando passare Quartararo a inizio gara quando il francese ne aveva più di lui, per poi rimanergli attaccato per il resto della gara, non trovando però l’occasione giusta per l’attacco decisivo.
La classifica riscritta ci regala una doppietta italiana con Lorenzo Baldassarri che sale in seconda posizione: positiva la gara del pilota del team Pons che all’inizio riesce a stare con Bagnaia e Quartararo, ma da metà gara in poi non ha il loro passo e si accontenta del podio sul quale sale Miguel Oliveira, che chiude terzo al termine di un duello con Alex Marquez e Brad Binder. Il portoghese non è mai stato veloce quanto i primi, e stavolta la rimonta non gli è riuscita come accaduto nelle precedenti occasioni, trovando il podio solo grazie alla squalifica di Quartararo.
Marquez e Binder chiudono in quarta e quinta posizione, davanti ad un ottimo Augusto Fernandez, capace di duellare con piloti più esperti di lui in Moto2 e conquistare la sesta posizione finale. In quel gruppo beffati Xavi Vierge e Iker Lecuona, settimo e ottavo per via di alcuni errori dei due spagnoli durante la gara che gli hanno fatto perdere posizioni durante la gara. Luca Marini chiude nono un weekend abbastanza difficile per lui davanti a Marcel Schrotter, che chiude la Top 10.
A tre gare dalla fine la classifica del campionato sorride a Bagnaia che già la settimana prossima in Australia potrebbe chiudere i giochi: sono 284 i punti dell’italiano contro i 247 di Oliveira in seconda posizione.