Ancora una volta Jorge Martin si conferma l’uomo da battere nella Moto3 in qualifica, e anche a Sepang ha dato dimostrazione della sua forza sul giro secco. In Malesia, il leader del campionato ha conquistato l’undicesima pole position stagionale con il tempo di 2:11.731, che gli vale anche il nuovo record della pista battendo il vecchio primato che apparteneva a Joan Mir. Marco Bezzecchi però è lì vicino al suo rivale per il campionato: l’italiano ha chiuso le qualifiche in seconda posizione a 32 millesimi di distacco da Martin, che lo precede in classifica di 12 punti.

Completa la prima fila Tony Arbolino che si qualifica in terza posizione con un ritardo di ben tre decimi rispetto al tempo di Martin. John McPhee partirà dalla quarta posizione davanti al vincitore di Phillip Island Albert Arenas, quinto oggi in prova, con Enea Bastianini in sesta posizione, dopo una qualifica molto difficile. La terza fila è occupata interamente da piloti giapponesi, con Tatsuki Suzuki settimo davanti a Kazuki Masaki e ad Ayumu Sasaki, che pagano però oltre otto decimi di ritardo da Martin.

Niccolò Antonelli completa la Top-10 in decima posizione davanti a Darryn Binder e Celestino Vietti, 12° in qualifica su un altro circuito per lui completamente nuovo. Indietro Fabio Di Giannantonio, anche lui in corsa per il titolo visti i 20 punti di ritardo da Martin, che partirà solamente dalla 13° posizione, precedendo Lorenzo Dalla Porta, 13°. Più indietro gli altri italiani con Dennis Foggia 16°; Andrea Migno 23° e Stefano Nepa 27°.